专职PI

陈飞 青年研究员
青年研究员,博士生导师
E-mail: feixchen@fudan.edu.cn
 

  2009年获山东大学生命科学学院学士学位,2012年获复旦大学生物医学研究院硕士学位,2018年美国西北大学Feinberg医学院博士学位,2018-2019年在美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心从事博士后研究。2019年12月至今,任职于复旦大学附属肿瘤医院和生物医学研究院青年研究员(双聘)。上海市特聘教授(2020),上海市千人计划获得者(2020)。

  实验室的研究方向是转录和表观遗传调控的机制研究,以及他们的失调在疾病尤其是肿瘤发生和转移中的功能。

  基因表达精密的时空调控,对生命体的形成、发育以及各种生物学功能的维持至关重要。转录调控的实现,依赖于转录机器对存储在染色质上的遗传信息(DNA)和表观遗传信息(组蛋白和DNA修饰、染色质高级结构等)的精确解读。而这种解读的偏差,不同程度上会导致基因表达的紊乱和疾病(包括癌症、发育缺陷和神经精神疾病等)的发生。我们将利用癌症生物学、功能基因组学、生物信息学、生物化学和遗传学等手段研究转录调控的基本机理,转录和表观遗传失调在肿瘤中的作用,并探索新的分子治疗靶标和开发新的靶向治疗小分子药物。实验室近期研究内容有:

1)转录机器和转录调控因子调控转录的分子机制。
2)针对转录和表观遗传信息的(单细胞和多细胞)测序方法的建立和开发。
3)基于肿瘤样本的转录组和表观遗传信息的高通量测序和生物信息学分析。
4)转录和表观遗传调控在致瘤和抑癌信号通路影响癌症发生和转移中的功能。
5)利用高通量筛选和功能基因组学研究手段寻找和研究癌症发生和转移调控因子。


代表性论著:

  1. Chen FX#, Smith ER, Shilatifard A*. Born to run: Control of RNA polymerase II transcription elongation. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2018 Jul; 19(7):464-478.

  2. Chen FX#, Xie P, Collings CK, Cao K, Marshall SA, Rendleman EJ, Ugarenko M, Zhang A, Shiekhattar R, Smith ER, Shiekhattar R, Zhang MQ, Shilatifard A*. PAF1 regulation of promoter-proximal pause release via enhancer activation. Science, 2017 Sep 22; 357(6357):1294-1298.

  3. Chen FX#, Woodfin AR, Gardini A, Rickels RA, Marshall SA, Smith ER, Shiekhattar R, Shilatifard A*. PAF1, a molecular regulator of promoter-proximal pausing by RNA polymerase II. Cell, 2015 Aug;162(5): 1003-1015. (Highlighted by Nature Reviews Molecular Cell Biology, “PAF1 regulates promoter-proximal pausing”)

  4. Chen F#, Gao X, Shilatifard A*. Stably paused genes revealed through inhibition of transcription initiation by the TFIIH inhibitor triptolide. Genes & Development, 2015 Jan 1;29(1): 39-47.

  5. Chen FX*, Marshall SA, Deng Y, Tianjiao S. Measuring Nascent Transcripts by Nascent-seq. Methods in Molecular Biology, 2018; 1712:19-26.

  6. Chen F#, Yang H#, Dong Z#, Fang J, Wang P, Zhu T, Gong W, Fang R, Shi YG, Li Z*, Xu Y*. Structural insight into substrate recognition by histone demethylase LSD2/KDM1b. Cell Research, 2013 Feb; 23(2):306.

  7. Fang R#Chen F#, Dong Z, Hu D, Barbera AJ, Clark EA, Fang J, Yang Y, Mei P, Rutenberg M, Li Z, Zhang Y, Xu Y, Yang H, Wang P, Simon MD, Zhou Q, Li J, Marynick MP, Li X, Lu H, Kaiser UB, Kingston RE, Xu Y*, Shi YG*. LSD2/KDM1B and its cofactor NPAC/GLYR1 endow a structural and molecular model for regulation of H3K4 demethylation. Molecular Cell, 2013 Feb 7; 49(3):558-70.

  8. Huang YH#, Hu J, Chen F, Lecomte N, Basnet H, David CJ, Witkin MD, Allen PJ, Leach SD, Hollmann TJ, Iacobuzio-Donahue CA, Massague J*. ID1 mediates escape from TGF-β tumor suppression in pancreatic cancer. Cancer Discovery, 2020 Jan; 10(1):142-157.

 
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